مثلا عده زیادی شخص برانکو را بزرگترین عامل خلق این عصر درخشان دانسته‌اند و برخی دیگر عقیده دارند رقم خوردن این همه موفقیت به‌خاطر طلوع «نسل طلایی» پرسپولیس بوده؛ نسلی که مثلا در منچستریونایتد اواخر دهه ۹۰ میلادی یا بارسلونای ۱۰ سال پیش شکل گرفت و اینجا هم در این مقطع تاریخی باعث جهش پرسپولیس شد. همه این مسائل قابل بحث است، اما در عین حال دوست و دشمن بر سر کارآیی یک فاکتور در پرسپولیس به شدت هم‌عقیده هستند و او هم کسی نیست جز کریم باقری! حقیقت آن است که تصور پرسپولیس اوج گرفته این سالیان بدون کریم باقری غیرممکن بوده است. قطعا نه به اندازه برانکو، اما باقری هم در موفقیت‌های پرسپولیس نقش کلیدی بازی کرده است؛ نقشی که بیشتر از آنچه فنی باشد، از حیث ایجاد انضباط و اتحاد تیمی قابل رصد است. کارکرد کریم باقری در پرسپولیس با وظایف معمول یک دستیار در دنیای فوتبال متفاوت است. او هرگز داعیه فنی نداشته و ندارد. محال است هیچ‌وقت آقا کریم را درحال انتقال نکات تاکتیکی به بازیکنان ببینید یا پای یک برنامه تلویزیونی بنشینید که باقری در آن مشغول ارائه تحلیل فنی در مورد مسابقات فوتبال است. حتی بعد از جدایی برانکو از پرسپولیس وقتی برخی پیشنهاد دادند کریم باقری پس از چهار سال دستیاری جای پروفسور را بگیرد، خود او به‌عنوان اولین نفر صراحتا با این موضوع مخالفت کرد. کریم می‌داند که از نظر فنی قادر نیست کمک چندانی به پرسپولیس بکند، بنابراین تمام تمرکز او روی مساله مهم «جمع کردن» تیم است. آقا کریم کاریزمای خاص و کم‌نظیری دارد که باعث می‌شود بازیکنان به شدت از او حساب ببرند. به علاوه فاصله سنی او با بازیکنان تیم خیلی زیاد نیست و باقری به‌خاطر حفظ فرم بدنی‌اش، بسیاری از مواقع قادر است پا به پای نفرات جوان بدود.
بنابراین بسیاری از حاشیه‌ها و بداخلاقی‌های تیم در نطفه خفه می‌شود. لیست بلندبالایی از برخوردهای انضباطی در پرسپولیس وجود دارد که به همت کریم و به‌خاطر حضور موثر او در صحنه رخ داده است؛ از جمله پرونده بی‌انضباطی پیام صادقیان یا رامین رضاییان که در دو مقطع از سوی باقری به سرمربی تیم ارجاع شد و هر دو نفر به کلی کنار گذاشته شدند. یکی دیگر از امتیازات بزرگ باقری هم این است که او از معدود دستیاران بی‌خطر برای سرمربیان محسوب می‌شود و این در فضای فوتبال ایران که خیلی از دستیاران درصدد کودتا علیه سرمربی هستند، یک غنیمت مهم به شمار می‌رود. آقا کریم چندی پیش رسما به‌عنوان دستیار دراگان اسکوچیچ در تیم‌ملی معرفی شد و الان بحث بر سر این است که باقری برای حضور در کادرفنی این تیم، شاید از پرسپولیس جدا شود. فدراسیون فوتبال خواهان تمرکز کریم فقط روی یک شغل است و بنابراین چه بسا باقری پایان فصل ارتباطش را با کادرفنی سرخپوشان قطع کند. صد البته تیم‌ملی از همه چیز مهم‌تر است و اگر باقری بتواند در آن پست هم همین‌قدر مفید باشد، کمک بزرگی به فوتبال ایران خواهد شد. در عین حال اما قطعا جدایی او از پرسپولیس یک اتفاق زیانبار مهم خواهد بود؛ مردی که دو ماه قبل از سرپرستی‌اش در این تیم، پیام صادقیان جلوی چشم مربی خمیازه‌های کشدار می‌کشید و خواننده پرهیاهوی زیرزمینی مثل آب خوردن سر تمرین مانور می‌داد.
