متن پیام حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر حسن روحانی به این شرح است:
انا لله و انا الیه راجعون
درگذشت عالم پارسا و خدوم حجت‌الاسلام والمسلمین سیدمحمدعلی شهیدی، موجب تأثر و تأسف فراوان شد.
این روحانی دلسوز و فداکار در طول عمر با برکت خود در صحنه انقلاب و مبارزه، در میدان وعظ و خطابه و در عرصه خدمت به مردم در سنگر مجلس شورای اسلامی، نیروهای مسلح و به ویژه در خدمتگزاری به خانواده شهدا و ایثارگران، همه توان خود را بکار گرفت و کارنامه پربار و ارزشمندی از خود به یادگار گذاشت که بی‌تردید در خاطر مردم قدرشناس ایران باقی خواهد ماند. فَسَلَامٌ عَلَیْهِ یَوْمَ وُلِدَ وَیَوْمَ مات وَیَوْمَ یُبْعَثُ حَیًّا .
اینجانب این ضایعه را به محضر مقام معظم رهبری، حوزه‌های علمیه، خانواده معزز آن مرحوم به ویژه همسر و فرزندان گرامی ایشان، همچنین حضرت حجت‌الاسلام والمسلمین علی‌اکبر ناطق نوری و حجت‌الاسلام والمسلمین سعید مهدوی‌کنی و سایر بازماندگان تسلیت می‌گویم و از درگاه خداوند متعال برای ایشان علو درجات و همجواری با صالحان و برای عموم بازماندگان صبر و سلامتی مسألت دارم.
حسن روحانی
رئیس جمهوری اسلامی ایران
