در سال ۱۳۶۰ نیروهای مسلح انقلابی متشکل از نیروهای مردمی، سپاه و عناصر انقلابی ارتش با کسب پیروزی‌های متعدد همچون شکستن محاصره اهواز، آزادسازی سوسنگرد و بیرون راندن ارتش عراق از گیلان‌غرب و آبادان، امید صدام و حامیان وی برای پیروزی را کمرنگ کردند. در این مقطع با هدایت قدرت های بزرگ که از پیروزی صدام ناامید شده بودند، کشورها و هیئت های میانجی فعال شدند و اقدامات سیاسی برای یافتن راه حل جهت خاتمه جنگ، شکل جدید و جدی تری به خود گرفت. هیئتهای میانجی، بخصوص از سوی سازمان کنفرانس اسلامی و جنبش عدم تعهد مکرراً به ایران می آمدند.
شخصیت های مختلف از کشورهای اسلامی مانند احمد سکوتوره رئیس جمهور گینه؛ ضیاءالحق رئیس جمهور پاکستان؛ بلند السون نخست وزیر ترکیه؛ یاسر عرفات از فلسطین؛ آریالای داود جاوارا از گابن و این مجموعه یک بار هم پشت سر امام نماز مغرب را به پا داشتند. آیت الله خامنه ای در جایگاه رئیس جمهور با هیئت های میانجی دیدار و مواضع منطقی ایران را صریحا تشریح می کردند. ایشان در این رابطه در مصاحبه با مجله سروش-۲۶/۱۲/۱۳۶۰- می گویند:
« به تجربه فهمیده ایم که هیئت ها در وضعیت جنگ هیچ گونه تأثیری نمی توانند داشته باشند. اما اینکه انگیزه آنها چیست پاسخ واحدی ندارد. انگیزه های گوناگونی بر میانجی های صلح حاکم است. چون بعضی از آنها روی نیّت صادق برای اینکه از دو کشور مسلمان افراد و اموال کمتری تلف شود وارد میدان مذاکرهی صلح میشوند و بعضی از روی انگیزه های شخصی برای کسب حیثیت و وجههی بین المللی و چیزی از این قبیل این کار را میکنند و احتمالاً بعضی هم دوست نمیدارند در آینده نزدیکی شاهد پیروزی نظامی ایران باشند؛ لذا مایلند اگر بتوانند ایران را به نوعی پیروزی سیاسی در صلح قانع کنند.»
آیت اللّه خامنه ای معمولاً در دیدارهای دیپلماتیک با هیئت های خارجی، سه شرط را به عنوان مقدمه صلح عادلانه مطرح می کردند. این سه شرط عبارت بودند از خروج بی قید و شرط نیروهای متجاوز، تأمین خسارت های ایران و مجازات متجاوز.
اغلب هیات های میانجی چه اولاف پالمه، فرستاده سازمان ملل و چه فرستادگان سازمان کنفرانس اسلامی، عمدتاً بر روی آتش بس بدون دادن تضمین برای خروج اشغال گران بعثی، تأکید داشتند. آیت الله خامنه ای در این دیدارها می گفتند «ما چنین آتش بسی را قبول نداریم و نظر خود را هم به آقای پالمه گفتیم و هم به هیئت کنفرانس اسلامی و ضمناً تأکید کردیم که ما از آتشبس بدون خروج بلافاصله دشمن خاطره خوشی نداریم. زیرا در جنگ با اسرائیل هم، اعراب آتش بس و مذاکره را پذیرفتند، ولی هنوز هم مذاکره ادامه دارد و همان طور که مشاهده میشود نه صحرای سینا و نه جولان هیچ کدام هنوز بازنگشته اند.»
معمولا گزارش هیئت های میانجی در اسرع وقت به اطلاع امام خمینی(ره) می رسید. آیت الله خامنه ای در ارتباط با رضایت امام خمینی در مصاحبه با خبرگزاری جمهوری اسلامی پس از دیدار با امام در تاریخ ۹/۱۲/۱۳۶۰ می گویند:
«در ملاقات (با امام خمینی) گزارشی در خصوص مذاکره با هیئت اعزامی کنفراس اسلامی که قبلاً توسط فرزند امام به اطلاع ایشان رسیده بود، داده شد و طی این دیدار مطالبی را که هیئت به عنوان پیشنهاد مطرح کرده بود، با پاسخ های خودمان به اطلاع حضرت امام رساندم... به امام عرض کردیم که ما سه شرط خود را اعلام و بر روی آنها ایستادگی کرده ایم، چون این شرایط یقیناً تضمین کننده حقوق ملت ایران خواهد بود ..... حضرت امام از مواضع ما راضی بودند و آن را تأیید می کردند.»
ایشان یک بار هم در دیدار با اعضای ستاد بزرگداشت ارتحال امام در تاریخ ۳/۳/۱۳۸۲، به موضع سرسخت امام خمینی اشاره کرده و گفتند:«امام آن موقع محکم روی این موضع ایستاده بودند که نه، تا وقتی دشمن در داخل خانه‌ی ماست، ما آتش بس را قبول نمی‌کنیم.»
غالبا هیئت های میانجی با طفره رفتن از موضوع اشغال اراضی ایران می گفتند ما در جایگاهی نیستیم که صحت این مسئله را تشخیص دهیم. در این مواقع آیت اللّه خامنه ای می گفتند: « من راه تشخیص را به شما می گویم فردا هواپیمایی در اختیار شما می گذارم بروید اهواز، در آنجا هم یک هلیکوپتر به شما می دهم به مناطق اشغالی بروید تا ببینید نیروهای صدام کجا هستند و متجاوز کیست و کجا است».
جنبش عدم تعهد نیز از اوایل جنگ تحمیلی برای میانجیگری بین ایران و عراق فعال شد و هیئت صلح کشورهای غیرمتعهد چند بار به ایران آمدند. در این دیدارها آیتاللّه خامنهای، مطالبه منطقی ایران مبنی بر ضرورت رفع اشغال و تنبیه متجاوز را با شخصیت های بارز جنبش عدم تعهد همچون راجیوگاندی،فیدل کاسترو، رابرت موگابه و شاذلی بن جدید، مطرح کرده و از آنها می خواستند که بی طرف نباشند و خود نیز داوری کرده و با طرف زورگو برخورد کنند. انتقاد از سیاست های جنبش عدم تعهد در قبال رژیم متجاوز عراق، معمولاً یکی از محورهای مذاکرات رئیس جمهوری اسلامی با مقامات کشورهای عضو جنبش بود.
ایشان معمولا به هیات های میانجی می گفتند: « مشکل منطقه، صدام است و هر چه درباره این مشکل تأخیر و کوتاهی شود، خسارت های بیشتری وارد خواهد شد. شما صدام را که متجاوزاست، محکوم کنید . تجربه این مدت نشان داد که اگر آن روز، دولت ها صدام را محکوم میکردند، مشکل بسیار زودتر حل میشد و پایان می یافت».
